Etapa III - Definitivarea protocolului de inverse PCR pentru obținerea unui tablou genomic al inserțiilor de transpozoni implicați în antibiorezistență
În cadrul acestei etape a fost definitivat protocolul de inversePCR pentru cartarea secvențelor de inserție (IS), fiind observată, prin secvențierea produșilor de PCR și secvențiere, diseminarea ISKpn6, ISKpn26, ISKpn27, ISApu1, ISApu2 și implicarea acestora în fenomenul de rezistență la antibiotice, fie prin inserția IS în gene cromosomale ale unor genomuri bacteriene (mgrB, PmrA), fie adiacent unor gene de rezistență la antibiotice, contribuind la diseminarea acestor gene pe orizontală, între tulpini bacteriene diferite în mediul clinic.
Phase III - Completion of the inverse PCR protocol for mapping a genomic picture of transposon insertions involved in antibiotic resistance
During this phase, the inversePCR protocol for insertion sequence (IS) mapping was completed. Subsequent to PCR products sequencing and bioinformatic analyses, the dissemination of ISKpn6, ISKpn26, ISKpn27, ISApu1, ISApu2 and their involvement in antibiotic resistance was described, due to either IS insertion in bacterial chromosomal genes (mgrB, pmrA), or IS location next to antibiotic resistance genes, thus leading to horizontal gene transfer between different bacterial strains in the clinical environment.